Forskare vid bland annat Karolinska Institutet har tagit fram en metod som gör det möjligt att kartlägga genuttrycket, alltså vilka gener som är aktiva, i enskilda celler. Många kliniskt viktiga celler, till exempel cancerceller, finns i små mängder och analysen är därför efterfrågad. Dessutom är det vanligt att en gen ger upphov till flera olika former av protein. Man kan säga att råkopian av mRNA:t klipps och klistras ihop på olika sätt och det innebär att celler från samma vävnad i kroppen kan vara olika ur ett genetiskt perspektiv.
Med hjälp av den nya metoden, som kallas för Smart-Seq, kan man kartlägga vilka gener som är aktiva i enskilda celler. Metoden kommer bland annat att användas inom cancerforskningen för att studera vilka celltyper som ingår i en cancertumör i enskilda patienter. Det är också relevant att studera enskilda cancerceller som cirkulerar fritt i blodbanan eller kroppens lymfsystem, eftersom de sannolikt kommer att bilda metastaser.
I den aktuella studien har forskarna analyserat tumörceller i blodbanan hos en patient med återkommande malignt melanom, en aggressiv typ av hudcancer. Cancercellerna identifierades i ett vanligt blodprov. Därefter användes Smart-Seq för att analysera cellernas genuttryck. Det visade sig att cancercellerna hade aktiverat en mängd proteiner för att undkomma kroppens bevakningssystem och därmed kunna sprida sig i kroppen.
Metoden skulle kunna bidra till en bättre diagnos och därmed till en bättre behandling av cancerpatienter.
Natalie von der Lehr
Källa: Ramsköld et al, Nature Biotechnology 30:777 (juli 2012)
