Ny metod för smartare analys av enskilda celler

Forskare vid bland annat Karolinska Institutet har tagit fram en metod som gör det möjligt att kartlägga genuttrycket, alltså vilka gener som är aktiva, i enskilda celler. Många kliniskt viktiga celler, till exempel cancerceller, finns i små mängder och analysen är därför efterfrågad.

Dessutom är det vanligt att en gen ger upphov till flera olika former av protein genom en process som kallas för splitsning. Man kan säga att råkopian av mRNA:t klipps och klistras ihop på olika sätt och det innebär att celler från samma vävnad i kroppen kan vara olika ur ett genetiskt perspektiv.

Med hjälp av den nya metoden, som kallas för Smart-Seq, kan man kartlägga vilka gener som är aktiva i enskilda celler. Metoden kommer bland annat att användas inom cancerforskningen för att studera vilka celltyper som ingår i en cancertumör i enskilda patienter. Det är också relevant att studera enskilda cancerceller som cirkulerar fritt i blodbanan eller kroppens lymfsystem, eftersom de sannolikt kommer att bilda metastaser.

I den aktuella studien har forskarna analyserat tumörceller i blodbanan hos en patient med återkommande malignt melanom, en aggressiv typ av hudcancer. Cancercellerna identifierades i ett vanligt blodprov. Därefter användes Smart-Seq för att analysera cellernas genuttryck. Det visade sig att cancercellerna hade aktiverat en mängd proteiner för att undkomma kroppens bevakningssystem och därmed kunna sprida sig i kroppen.

Metoden skulle kunna bidra till en bättre diagnos och därmed till en bättre behandling av cancerpatienter.

Natalie von der Lehr

Källa: Ramsköld et al, Nature Biotechnology 30:777 (juli 2012)  

Protokoll

Från sammanträdet den 25 januari 2017.

Läs mer »