Gentekniknämnden ska yttra sig om tillstånd enligt 13 kap. 12§ miljöbalken, samt i övrigt yttra sig till berörda myndigheter och till offentliga och privata institutioner och företag i frågor om genteknik enligt miljöbalken.

Vidare ska nämnden samråda med myndigheter när föreskrifter om genteknik meddelas med stöd av miljöbalken.

De ärenden som  nämnden behandlar utgörs för närvarande till största delen av ansökningar om tillstånd för marknadsgodkännande av genmodifierade grödor inom EU. Nämnden publicerar sina yttranden löpande i årsvis ordning.