PAM är en förkortning av engelskans protospacer adjecent motif och är en 3 baspar lång DNA-sekvens som känns igen av endonukleaset Cas9 (enzym som är en del av gensaxen CRISPR/Cas9). PAM-sekvensen skrivs ibland ut som ”NGG” vilket indikerar att den kan börja med vilken bas som helst (A, T, G, C) men slutar med GG. Andra endonukleaser som klipper i DNA har andra PAM-sekvenser. När Cas9 hittar en PAM öppnar det upp DNA-spiralen som guide-RNA försöker baspar med. Är det en fullständig matchning så klipper Cas9 av den dubbla DNA-spiralen tre baspar uppströms om PAM. Är det inte en matchning så släpper Cas9 och DNA-spiralen går ihop igen.
CRISPR/Cas9 består av ett Cas9 (grönt) och ett guide-RNA (enkelsträngad lila/svart). Cas9 öppnar upp DNA-spiralen vid en PAM-sekvens (vit). Illustration och copyright: Gunilla Elam
