PAM är en förkortning av engelskans protospacer adjecent motif och är en 3 baspar lång DNA-sekvens som känns igen av nukleaset Cas9 (som är en del av gensaxen CRISPR/Cas9). PAM-sekvensen skrivs ibland ut som ”NGG” vilket indikerar att den kan börja med vilken bas som helst (A, T, G, C) men slutar med GG. Andra nukleaser som klipper i DNA har andra PAM-sekvenser. När Cas9 hittar en PAM öppnar det upp DNA-spiralen som guide-RNA försöker baspar med. Är det en fullständig matchning så klipper Cas9 av den dubbla DNA-spiralen tre baspar uppströms om PAM. Är det inte en matchning så släpper Cas9 och DNA-spiralen går ihop igen.
